真核转录组测序以高通量测序为基础,可全面快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的所有转录本集合,用于研究基因结构和基因功能、可变剪接和新转录本预测等。根据有无参考基因组,真核转录组测序可以分为:真核无参转录组测序和真核有参转录组测序。

真核无参转录组测序是对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有rna进行测序;真核有参转录组测序是对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mrna进行测序,与参考基因组比对,既可全面快速分析mrna序列和丰度信息、又可对基因结构和产生的新转录本进行分析。

服务优势

  • 测序质量高:采用先进的hiseq 4000测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据
  • 覆盖度高:数字化信号,直接测定几乎所有转录本片段的序列
  • 链特异性文库:采用dutp链特异性文库构建方案,确保转录本的方向性,获取更准确的定量结果
  • 全转录组分析:无需预先设计特异性探针,因此无需了解物种基因或基因组信息,能够直接对任何物种进行最全面的转录组分析
  • 关联分析:联合多个组学数据,开展跨组学关联分析
  • 技术路线

    真核转录组测序

    服务详情

    服务项目 样本类型 测序模式 送样要求
    真核转录组测序 细胞,组织,全血,血清,血浆,总rna等 hiseq 4000, pe150 建议总rna起始量:2 μg,最低1 μg,浓度≥50 ng/μl

    分析项目

  • 真核有参转录组测序
  • 1. 原始数据产出统计
    2. 与参考基因组比对及统计
    3. 基因和转录本表达丰度分析
    4. 转录组水平snp和indel分析
    5. go功能分析
    6. unigene的go(gene ontology)注释结果
    7. unigene的kegg代谢通路注释
    8. 差异表达基因的go功能富集性分析,kegg代谢通路富集性分析
    9. 新转录本预测
    10. 可变剪切分析
    11. deu(different exon usage)分析(限生物学重复样品)

  • 真核无参转录组测序
  • 1. 原始数据产出统计与基本质控处理
    2. 转录本拼接(根据测序数据获得转录本序列)
    3. unigene的transcript长度分布统计及gc含量统计
    4. 根据拼接结果序列进行预测编码蛋白框(cds)
    5. unigene功能注释(nr、swissport、kog、kegg、pfam)
    6. kegg代谢通路分析
    7. 基因差异表达谱分析(聚类图、散点图、火山图)
    8. unigene的kog注释结果
    9. 转录组水平snv/snp分析
    10. unigene的ssr分析(ssr数据信息、ssr分布统计)
    11. 根据rpkm计算标准对基因表达风度进行分析(表达量数据信息、表达情况统计)
    12. 样本间的基因表达差异分析
    13. 差异表达基因的go功能富集性分析,kegg代谢途径富集性分析

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