crispr-cas9系统用于lncrna基因的高通量功能筛选

【背景】

crispr-cas9系统的sgrna可以对编码基因进行有效的编辑,同时sgrna文库的建立也可以实现基因组的大规模筛选。但是对于非编码基因来说,sgrna造成的插入/删除并不会产生功能缺失的现象,很难判定非编码基因的功能。采用paired sgrnas(psgrnas)策略对非编码基因进行编辑,可在同一基因中造成两处断裂,形成大片段的缺失,从而影响表型改变。

【方法】

使用慢病毒载体构建了psgrna文库,对人源肝癌细胞系huh7.5oc进行基因组的700个lncrna和另外5种癌症细胞进行敲除。ngs测序的方法检测基因编辑情况,并对功能缺失的细胞系进行筛选,探究lncrna基因对癌症细胞生长的影响。

6对 sgrnas的位点设计

【结论】

  1. 人源肝癌细胞系huh7.5oc筛选出51个lncrna基因能够促进或者抑制肿瘤的生长,并发现部分基因会对多种癌症生长造成影响;
  2. paired sgrnas筛选策略可以广泛的应用于哺乳动物所有的非编码rna包括microrna、cis元素和其他未分类元素等(图3)。
  3. 6对 sgrnas的 knock-out效率

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参考文献
zhu, s., et al., genome-scale deletion screening of human long non-coding rnas using a paired-guide rna crispr-cas9 library. nat biotechnol, 2016.34(12): p. 1279-1286.